Index

B

build_distance_matrix() (in module clusttraj.distmat)

C

check_positive() (in module clusttraj.io) classify_structures() (in module clusttraj.classify) classify_structures_silhouette() (in module clusttraj.classify) ClustOptions (class in clusttraj.io) clusttraj module clusttraj.classify module clusttraj.distmat module

clusttraj.io module clusttraj.main module clusttraj.plot module clusttraj.utils module compute_distmat_line() (in module clusttraj.distmat) configure_runtime() (in module clusttraj.io)

D

dendrogram_name (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

distmat_name (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

E

evo_name (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

exclusions (clusttraj.io.ClustOptions attribute) extant_file() (in module clusttraj.io)

F

final_kabsch (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

find_medoids_from_clusters() (in module clusttraj.classify) formatter (clusttraj.io.Logger attribute)

G

get_distmat() (in module clusttraj.distmat)

get_mol_coords() (in module clusttraj.utils) get_mol_info() (in module clusttraj.utils)

I

input_distmat (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

L

logformat (clusttraj.io.Logger attribute)

Logger (class in clusttraj.io) logger (clusttraj.io.Logger attribute)

M

main() (in module clusttraj) (in module clusttraj.main) mds_name (clusttraj.io.ClustOptions attribute) method (clusttraj.io.ClustOptions attribute) metrics (clusttraj.io.ClustOptions attribute) min_rmsd (clusttraj.io.ClustOptions attribute) module clusttraj clusttraj.classify clusttraj.distmat clusttraj.io clusttraj.main clusttraj.plot clusttraj.utils

N

n_workers (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

no_hydrogen (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

O

opt_order (clusttraj.io.ClustOptions attribute) optimal_cut (clusttraj.io.ClustOptions attribute) out_clust_name (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

out_conf_fmt (clusttraj.io.ClustOptions attribute) out_conf_name (clusttraj.io.ClustOptions attribute) overwrite (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

P

parse_args() (in module clusttraj.io) plot (clusttraj.io.ClustOptions attribute) plot_clust_evo() (in module clusttraj.plot)

plot_dendrogram() (in module clusttraj.plot) plot_mds() (in module clusttraj.plot) plot_tsne() (in module clusttraj.plot)

R

reorder (clusttraj.io.ClustOptions attribute) reorder_alg (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

reorder_alg_name (clusttraj.io.ClustOptions attribute) reorder_excl (clusttraj.io.ClustOptions attribute) reorder_solvent_only (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

S

save_clusters_config() (in module clusttraj.io) save_confs (clusttraj.io.ClustOptions attribute) setup() (clusttraj.io.Logger class method)

silhouette_score (clusttraj.io.ClustOptions attribute) solute_natoms (clusttraj.io.ClustOptions attribute) sum_distmat() (in module clusttraj.classify) summary_name (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

T

trajfile (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

U

update() (clusttraj.io.ClustOptions method)

V

verbose (clusttraj.io.ClustOptions attribute)

W

weight_solute (clusttraj.io.ClustOptions attribute)